支払調書等には、その年中に支払の確定した金額及び源泉徴収税額を記載し、作成日現在で未払の支払金額及び未徴収の源泉徴収税額は内書きすることになっています。

確定申告での扱い

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　内書きのある支払調書等を受け取った場合、収入としては確定しているため、未回収のものも収入として計上し、源泉徴収税は未徴収のものも含めて計上します。内書きされた未納付の源泉税額のうち確定申告書提出時に未回収の収入に係る未徴収の源泉徴収税がある場合は、その金額を「未納付の源泉徴収税額」の欄に記入します。源泉徴収された時点、つまり回収があった時点で納付したことになります。（源泉徴収義務者が税務署へ納付したかどうかは問われません。）

申告書提出以降、回収できた場合（源泉徴収された）、所轄の税務署へ「源泉徴収税額の納付届出書」を提出することで還付を受けることができます。
→http://www.nta.go.jp/tetsuzuki/shinsei/annai/shinkoku/annai/6498.htm

万一、未収額が回収できない場合は、そのことが確定した年に、貸倒損失などの経費として処理することとなります。