社員の健康診断の費用を会社が負担しても社員の給料とならず、会社の福利厚生費として経費になります。
人間ドックはある程度高額な支出になりますが、次のようなものであれば給与として取り扱われません。

(1) 全員が受けること。(ただし、何歳以上という年齢制限は認められます。)

(2) その検診内容が健康管理上通常必要なものであること。


従って、社長もしくは役員だけが受けている場合は、それが毎月のものであれば役員報酬、
年に数回であれば役員賞与として取り扱われます。
また特定の社員だけが特別な検査を受けている場合にも、同様です。